該署於101年3月19日函復略以：(一)....保稅區營業人如購買非供保稅貨物使用之貨物或勞務，依法即不得適用零稅率，如銷售之營業人持保稅區營業人誤簽署之統一發票扣抵聯據以開立零稅率發票，於法亦屬有間。(二)....基於愛心辦稅及疏減訟源，財政部核定輔導計畫，責由各地區國稅局於101年4月30日前落實輔導轄內營業人正確申報營業稅適用零稅率，.....得由保稅區買受人書面切結適用零稅率外，各地區國稅局應輔導營業人依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報並補繳稅款結案。(三)上開零稅率申報案件，稽徵機關如查獲保稅區營業人冒稱購買用途之事實並予簽署統一發票扣抵聯，...依法處以虛偽簽署之責；...該銷售貨物之營業人尚不發生補稅處罰問題，其租稅依從義務已予以妥慎考量。上開財政部函令規定均於營業人申報適用零稅率提供租稅獎勵之前提下，賦予同等協力措施，法令規定已屬完備。