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日本政府於4月16日晚間，宣布將「緊急事態宣言」適用範圍擴大至全國，並將原本指定為緊急事態地區的7縣市(東京都、大阪府、千葉縣、神奈川縣、埼玉縣、兵庫縣、福岡縣)，加上其他6縣市(北海道、茨城縣、石川縣、岐阜縣、愛知縣、京都府)，合併指定為「特定警戒都道府縣」，特別重點強化這13縣市的防疫相關措施。同時要求上述地區之外、確診數較少的其他34縣市制定相關措施配合防疫政策。安倍首相呼籲國民盡量避免「非必要、非緊急」的外出，希望減少4月底至5月初「黃金週」連假期間的跨縣市移動，並推動遠端工作和彈性上下班。西村經濟再生大臣也指出，除了避免前往公共場所，必須減少80%的人與人接觸機會才能有效防止疫情的蔓延。
同時，為了因應緊急事態地區的擴大，日本政府也根據《特別措施法》成立「諮詢委員會」，召集醫療專家給予專業意見。截至4月21日，為響應政府的緊急措施，日本全國已有32縣市決定要求境內大學院校、商業設施、展覽會場及商店百貨業等配合暫停營業(日常必需品之商家除外)，其中更有27縣市政府對於配合政策暫停營業的店家提供補助。
在紓困政策方面，日本總務省於4月20日宣布了每人統一發放10萬日圓的緊急經濟對策，發放對象不限國籍，只要是在4月27日時登記在「住民基本台帳」中的所有人都有資格申請。實施日期由地方政府自行規劃，最早將從5月開始匯出補助款。該緊急經濟對策的財務支出約為48.4兆日圓，業務規模約為117.1兆日圓，成為日本史上最高的財政措施。
日本財務省於4月20日發表3月份的貿易統計資料，出口金額為6兆3578億日圓、較去年同期減少11.7%。受到新型冠狀病毒疫情影響造成經濟活動停滯，向全球各地的出口皆減少，其中又以出口美國金額減少16.5%為最高，包括汽車、飛機引擎、建築機械、採礦機械的需求下降；出口歐盟的貿易額中，以向德國輸出汽車為主也減少11.1%。亞洲全體的出口金額下降9.4%、對中國出口金額也減少8.7%。進口金額則為6兆3529億日圓、較去年同期減少5.0%；自美國進口額增加1.3%，以航空機械及醫藥品為主，自歐盟進口額則減少9.7%。整體而言，出口及進口貿易金額總合為收入49億日圓，維持連續2個月的正收支，然而收入金額較2月分大幅減少。